Одделението за финасиски прашања ги следи и имплементира законите и подзаконските акти од областа на буџетското и материјално-финансиското работење, врши следење, управување и контрола на состојбата и движењето на средствата на Заводот утврдени со буџетот, врши извршување и известување за извршувањето на буџетот на Заводот.