Në njësinë e auditimit të brendshëm, auditimet planifikohen dhe kryhen auditime në përputhje me dispozitat ligjore, standardet ndërkombëtare për auditimin e brendshëm dhe vendosja e politikave të auditimit të Ministrisë së Financave, hartohet një program për çdo auditim të veçantë dhe monitorohet realizimi i tij, koordinohet zbatimi i auditimeve dhe miratohen planet individuale të auditimit, rishikohet draft raportet të auditimit dhe studiohet dëshmitë të auditimit për të siguruar nëse rekomandimet e auditimit janë të justifikuara, mirëmbajnë dokumentacionin e auditimit të kryer si mbështetje dhe sigurim i cilësisë së raportit???